Lëvizja kombëtare, të cilën e udhëhoqi Lidhja Shqiptare e Prizrenit, lindi nga vrulli atdhetar i shtresave më të ndryshme të popullsisë së Shqipërisë dhe u zhvillua në truallin historik të përgatitur gjatë dhjetëvjeçarëve të mëparshëm nga lëvizja e Rilindjes Kombëtare Shqiptare. Ajo shënoi një hap të madh cilësor nga pikëpamja e platformës ideologjike, e kërkesave politike dhe e frontit luftarak, në krahasim me lëvizjen çlirimtare të dhjetëvjeçarëve të kaluar. Lidhja e Prizrenit ishte e para lëvizje çlirimtare me karakter kombëtar, në të cilën morën pjesë të gjitha krahinat e Shqipërisë dhe në të cilën u kombinuan të gjitha format e luftës çlirimtare, që nga kuvendet popullore deri te parashtresat politike, që nga misionet diplomatike deri te kryengritjet e armatosura. Ajo ishte e para lëvizje masive, e cila synoi të përmbushte programin madhor të Rilindjes Kombëtare Shqiptare në kushtet e Krizës Lindore të viteve 70 të shek. XIX - njohjen e kombit shqiptar si një bashkësi të pandarë, mbrojtjen e tërësisë territoriale të atdheut dhe formimin e një shteti shqiptar autonom e demokratik.
Lidhja Shqiptare e Prizrenit shënonte, si organizatë, një hap të madh cilësor nga pikëpamja e funksioneve politike, e shtrirjes territoriale dhe e mjeteve të luftës në krahasim me besëlidhjet e mëparshme. Ajo ishte e para organizatë kombëtare që krijoi degë të saj në të gjitha krahinat shqiptare dhe e para organizatë atdhetare që përdori për interesat e lartë të atdheut krahas pushkës edhe penën. Për më tepër, Lidhja Shqiptare e Prizrenit ishte e para organizatë, e cila jo vetëm u vesh qysh në fillim me funksione pushtetore, por arriti në fund të fitonte atributet e një qeverie të përkohshme shqiptare, pothuajse krejtësisht të pavarur nga autoriteti i Perandorisë Osmane.
Lidhja Shqiptare e Prizrenit për herë të parë sfidoi prepotencën e Fuqive të Mëdha, agresivitetin e monarkive fqinje dhe arrogancën e Portës së Lartë. Nën udhëheqjen e atdhetarëve më të përparuar ajo mundi t’i nënshtronte armiqtë e brendshëm, t’i izolonte bashkudhëtarët e përkohshëm dhe të merrte karakterin e një fronti të gjerë, duke e udhëhequr Lëvizjen Kombëtare Shqiptare në mënyrë të shkallëzuar, por gjithnjë në ngritje, derisa arriti në veprën e saj më kulmore, në formimin e qeverisë së përkohshme shqiptare.
Lidhja e Prizrenit u shtyp pasi erdhi deri në pragun e sendërtimit të programit të Rilindjes Kombëtare Shqiptare. Materialisht ajo u shtyp nga dhuna ushtarake dhe nga terrori policor i Perandorisë Osmane. Në të vërtetë ajo u mbyt edhe nga konspiracioni ndërkombëtar që organizuan kundër saj Fuqitë e Mëdha. Por edhe pse u shtyp, ajo pati një varg arritjesh me rëndësi të madhe historike.
Gjatë viteve 1878-1881 u bënë hapa më të mëdhenj sesa gjatë dhjetëvjeçarëve të kaluar në procesin e bashkimit të shqiptarëve, pavarësisht nga dallimet fetare, përkatësia shoqërore, shpërndarja krahinore dhe pikëpamjet politike, në një bashkësi të vetme kombëtare, e cila, për më tepër, u sanksionua edhe në llogoret e luftës së udhëhequr prej saj për të mbrojtur tërësinë tokësore të atdheut dhe për të formuar shtetin kombëtar shqiptar.
Me qëndresën e armatosur që zhvilloi për mbrojtjen e Plavës, të Gucisë, të Hotit, të Grudës, të Kelmendit e të Ulqinit, Lidhja Shqiptare e Prizrenit tregoi se trojet shqiptare nuk mund të trajtoheshin si plaçkë tregu për të kënaqur interesat e Fuqive të Mëdha ose lakmitë pushtuese të monarkive fqinje. Madje, në saje të kësaj qëndrese ajo i detyroi Fuqitë e Mëdha jo vetëm të rishikonin tri herë me radhë vendimet e tyre në lidhje me përfitimet e Malit të Zi në dëm të trojeve shqiptare, por edhe të hiqnin dorë përfundimisht nga lëshimi i Çamërisë shqiptare në dobi të Mbretërisë Greke.
Me karakterin kombëtar që përshkoi veprimtarinë e saj trevjeçare, Lidhja Shqiptare e Prizrenit e përmbysi tezën që mbronin Fuqitë e Mëdha dhe shtetet fqinje ballkanike, sipas së cilës mohohej ekzistenca e kombit shqiptar; ajo vërtetoi në shkallë ndërkombëtare se populli shqiptar ishte një komb i formuar, liridashës, atdhetar, me aspiratat e veta dhe i vendosur për të krijuar shtetin e vet kombëtar. Edhe pse shqiptarët nuk i fituan gjatë Krizës Lindore të drejtat e tyre kombëtare, në saje të Lidhjes Shqiptare të Prizrenit çështja shqiptare hyri tanimë në veprimtarinë diplomatike ndërkombëtare si një nga problemet e mprehta që kërkonte zgjidhje në çdo rregullim të ardhshëm të Evropës Juglindore.
Me veprimtarinë pushtetore, që zhvilloi sidomos gjatë muajve të fundit të jetës së saj, Lidhja Shqiptare e Prizrenit hodhi gjithashtu poshtë tezën tjetër të propaganduar aq shumë nga armiqtë e Shqipërisë mbi paaftësinë e shqiptarëve për vetëqeverisje dhe provoi në truallin konkret se ata tashmë ishin të përgatitur politikisht për të pasur shtetin e tyre kombëtar.
Lidhja Shqiptare e Prizrenit i dha një shtytje të paparë deri atëherë edhe lëvizjes kulturore shqiptare; përparimet e arritura brenda tre vjetëve të jetës së saj në fushën e mendimit shoqëror, të letërsisë publicistike dhe të krijimtarisë letrare ishin më të mëdha, sesa hapat e kryer gjatë dhjetëvjeçarëve të mëparshëm.
Lidhja e Prizrenit krijoi më në fund një pikë të shëndoshë referimi si me programin e saj politik, ashtu edhe me formën e saj organizative për lëvizjet e mëvonshme çlirimtare të shqiptarëve deri në fitoren e pavarësisë kombëtare, në nëntor të vitit 1912.
Nga ana tjetër, Lidhja e Prizrenit u dha shqiptarëve edhe një varg mësimesh të rëndësishme. Sukseset e saj treguan se autonomia e Shqipërisë ishte një synim i realizueshëm, por shtypja e saj tregoi se fitorja përfundimtare e autonomisë kalonte nëpër rrugë të vështira dhe se duheshin përpjekje të tjera vigane për arritjen e saj. Historia e Lidhjes tregoi se pengesa kryesore për krijimin e shtetit kombëtar shqiptar nuk vinte vetëm nga Perandoria Osmane, por edhe nga faktori ndërkombëtar. Shqiptarët u bindën se luftën çlirimtare duhej ta zhvillonin duke u mbështetur në radhë të parë në forcat e tyre njerëzore e materiale dhe se duhej të punonin njëkohësisht për të siguruar përkrahjen e Fuqive të Mëdha, sidomos të atyre që kishin filluar të anonin nga zgjidhja e drejtë e çështjes kombëtare shqiptare. Lidhja provoi gjithashtu se brenda vendit Lëvizja Kombëtare Shqiptare mbështetjen politike, morale, materiale e luftarake duhej ta kërkonte te shtresat e gjera të popullit dhe te bashkimi i të gjitha forcave shoqërore e politike të kombit shqiptar, pa dallim feje, krahine e përkatësie shoqërore. Veprimtaria e Lidhjes Shqiptare të Prizrenit tregoi, më në fund, rëndësinë e madhe që kishte për betejat e ardhshme çlirimtare edukimi i popullit shqiptar me ndërgjegjen kombëtare nëpërmjet shkollës shqipe, të letërsisë shqiptare dhe të publicistikës patriotike.