Kryengritja e Ilindenit dhe shtypja e saj nga ushtritë osmane, u dha shkak Fuqive të Mëdha të ndërhynin përsëri në të ashtuquajturën çështje maqedone. Më 22 tetor 1903 Austro-Hungaria dhe Rusia, që njiheshin edhe nga Fuqitë e tjera të Mëdha si shtetet më të interesuara në këtë zonë, i paraqitën Portës së Lartë një program tjetër reformash për tri të ashtuquajturat “vilajete maqedone”, që ishte rezultat i marrëveshjes ndërmjet perandorit austriak dhe atij rus në Myrcshteg (Austri). Meqë “Koncerti evropian” shihej si një mekanizëm më i ndërlikuar për t’u vënë në veprim, Fuqitë e Mëdha parapëlqyen t’u jepnin mandatin për reformat Rusisë e të Austro-Hungarisë.
Programi i ri u ndërmor “për të mbrojtur popullsitë krishtere” nga dhuna osmane, ndërsa qëllimi kryesor i Fuqive të Mëdha ishte të shmangnin çdo mundësi për çrregullime e turbullira (me të cilat nënkuptoheshin lëvizjet kryengritëse çlirimtare në Turqinë Evropiane) dhe për çdo ndërhyrje të Bullgarisë, të Serbisë, të Malit të Zi e të Greqisë, që rrezikonte të cenonte ekuilibrin e vendosur në këtë zonë dhe paqen e përgjithshme në Evropë. Në kushtet e krijuara në Turqinë Evropiane në vitin 1903, nuk përjashtohej edhe një mundësi tjetër, ajo e një ndërhyrjeje ushtarake ruse a austriake, ose e të dyja fuqive në këtë zonë.
Marrëveshja e Myrcshtegut u quajt nga ministri i Punëve të Jashtme të Austro-Hungarisë, Golluhovski, “një aleancë e përzemërt” ndërmjet dy vendeve, që kishte për qëllim të ruante status quo-në në Ballkan dhe të siguronte një zgjidhje paqësore të problemeve të kësaj zone. Ai deklaroi se këto dy fuqi nuk synonin të vendosnin ndonjë ndikim mbizotërues këtu por, në të njëjtën kohë, nuk do të lejonin që një gjë të tillë ta bënte ndonjë shtet tjetër.
Golluhovski pranonte gjithashtu se programi i Myrcshtegut përbënte një ndërhyrje të drejtpërdrejtë të Austro-Hungarisë e të Rusisë në Turqinë Evropiane, e cila, nëse Porta e Lartë nuk do të bashkëpunonte me to, do të vazhdonte dhe mund të sillte pasoja të rënda për Perandorinë Osmane. Duke caktuar, sipas këtij programi, pranë inspektorit të përgjithshëm, Hysen Hilmi pashës, dy nëpunës civilë, një rus dhe një austriak, që do të vëzhgonin zbatimin e reformave dhe gjendjen në Maqedoni, Vjena e Peterburgu vinin nën kontrollin e tyre vilajetet e ashtuquajtura “maqedone”, të Kosovës, të Manastirit e të Selanikut. Projekti parashikonte gjithashtu riorganizimin e xhandarmërisë, për të cilën ngarkoheshin si komandant një gjeneral (që u vendos të ishte italian) dhe oficerë të huaj, si edhe krijimin e komisioneve që do të merreshin me shqyrtimin e problemeve politike; këto komisione do të përbëheshin nga përfaqësues konsullorë të të dy fuqive dhe të popullsisë së krishtere e myslimane të të tri vilajeteve.
Ndërkaq, për të shmangur një ashpërsim të mëtejshëm të kontradiktave ndërmjet Fuqive të Mëdha, territori në të cilin do të zbatoheshin reformat u nda në 5 zona (të Serezit, të Dhramës, të Selanikut, të Shkupit dhe të Manastirit), në çdonjërën prej të cilave u vendosën respektivisht oficerët e huaj, francezë, anglezë, rusë, austriakë dhe italianë.
Projekti austro-rus i reformave dhe përgjithësisht ndërhyrjet e huaja në territoret shqiptare, i dhanë një shtytje të re lëvizjes kryengritëse në Shqipëri. Shqiptarët u ngritën përsëri kundër reformave, që cenonin tërësinë territoriale të atdheut. Pakënaqësia e popullsisë u shtua edhe për shkak se Porta e Lartë, në emër të reformave, vendosi taksa të reja dhe dërgoi në Shqipëri ushtri të shumta për vjeljen e tyre dhe për zbatimin e reformave.
Ndonëse nuk ishte e organizuar në përmasa kombëtare dhe u zhvillua në formën e kryengritjeve lokale, që nuk udhëhiqeshin nga një qendër e vetme, lëvizja shqiptare e vitit 1904, ose siç u quajt që në atë kohë kryengritja shqiptare kishte një objektiv të përbashkët, ishte drejtuar kundër zgjedhës osmane e ndërhyrjeve të reja, që Fuqitë e Mëdha ndërmorën në Shqipëri në fund të vitit 1903 dhe në fillim të vitit 1904. Edhe kërkesat që kryengritësit parashtruan në vatrat e ndryshme të saj ishin të njëjta dhe përgjithësisht kishin karakter kombëtar, synonin të siguronin autonominë e Shqipërisë. Revista “Albania” (Londër, 1904) e Faik Konicës botoi në numrin 2 të saj programin e kryengritjes, ku rendiste, përveç çështjeve të tilla si kundërshtimi i zbatimit të reformave, tërheqja e ushtrisë osmane nga Kosova dhe lirimi i të burgosurve politikë, edhe çështjen e autonomisë ose të “veturdhërimit” të Shqipërisë, nën sovranitetin e sulltanit. Kërkesën e formimit të një Shqipërie autonome nëpërmjet bashkimit të vilajeteve të Kosovës, të Shkodrës, të Manastririt e të Janinës, ia atribuon kryengritjes shqiptare të vitit 1904 edhe autori serb Pavël Orloviç, në punimin e tij “Serbia e Vjetër dhe shqiptarët” (“Stara Serbija i arbanasi”, Beograd, 1904).
Në shkurt të vitit 1904 kryengritja përfshiu Gjakovën, Pejën, Lumën, Rekën, rrethet e Mitrovicës dhe qendra të tjera. Vatra kryesore e saj u bë Gjakova, në rrethet e së cilës në fillim të shkurtit u grumbulluan 5 000-6 000 kryengritës, të drejtuar nga Sulejman Batusha, që sulmuan garnizonin dhe u përpoqën të hynin në qytet. Me kryengritësit gjakovarë u bashkua shumë shpejt popullsia e Pejës, që lidhi besën me ta. Edhe mirditorët u treguan të gatshëm të niseshin për në Gjakovë e Pejë për të ndihmuar bashkatdhetarët e tyre kosovarë.
Për të shtypur lëvizjen qeveria turke dërgoi forca të mëdha ushtarake, të komanduara nga Shemsi Pasha i njohur për egërsinë e tij kundër shqiptarëve. Vetëm në Gjakovë u dërguan 10 batalione, me artileri fushore e malore, të cilat më 12 shkurt u ndeshën në veriperëndim të këtij qyteti, në katundin Batushë, me 2 000 kryengritës, që i shkaktuan humbje ushtrisë osmane të Shemsi Pashës dhe e gozhduan atë në vend. Veprimet luftarake u shoqëruan me mbledhjen me forcë të taksave nga popullsia dhe me shkatërrimin e fshatrave të tëra të kësaj treve.
Më 21 shkurt u hodh në kryengritje popullsia e qytetit të Pejës, që rrëmbeu armët dhe iu kundërvu ushtrisë osmane, ndërsa orvatjet e bajraktarëve të Rugovës për të bashkuar popullsinë e kësaj zone me kryengritësit e Pejës u penguan për një kohë nga komanda ushtarake osmane. Ndërkaq Porta e Lartë hodhi kundër kryengritësve ushtri të tjera, gjithsej 25 batalione, që drejtoheshin nga vetë valiu i Kosovës, Shaqir Pasha.
Në fillim të marsit kryengritja u shtri në sanxhakun e Prizrenit dhe sidomos në kazanë e Lumës, ku në krye të lëvizjes u vu Ramadan Zaskoku, ish-kapiten i xhandarmërisë. Me disa ndërprerje kryengritja vazhdoi deri në vjeshtën e vitit 1904.
Gjatë muajve mars-prill u përfshi në lëvizje edhe Mitrovica me rrethina, që u bë qendër e mbledhjeve të fshehta për organizimin e qëndresës kundër reformave dhe kundër çarmatimit të shqiptarëve. Përfaqësuesit e popullsisë së Mitrovicës hynë në lidhje me shqiptarët e Prishtinës, të Vuçiternës, të Gjilanit dhe të Pazarit të Ri (Novi Pazarit) për të vendosur një qëndrim të përbashkët lidhur me reformat.
Më 30 qershor u dërgua në Pejë valiu i Kosovës, Shaqir Pasha. Gjatë bisedimeve që zhvilloi me përfaqësuesit e 2 000 kryengritësve të mbledhur në këtë qytet, krerët shqiptarë kërkuan, krahas lehtësirave në vjeljen e taksave, edhe lirimin e gjithë të burgosurve politikë, të arrestuar për shkak të pjesëmarrjes në kryengritjen kundërosmane. Valiu u premtoi shqiptarëve se do të plotësonte kërkesat e tyre.
Në gusht-shtator të vitit 1904, pas një rënieje të përkohshme, u rigjallërua qëndresa e armatosur në krahinat midis Pejës, Gjakovës e Prizrenit. Në gusht lumjanët sulmuan Prizrenin dhe e shtinë në dorë, ndërsa në shtator kryengritësit morën Pejën. Për të shtypur kryengritjen shqiptare u dërguan në rajonin e Prizrenit forca të reja ushtarake, rreth 5 batalione, por ato nuk qenë të mjaftueshme për të vendosur qetësinë në këtë trevë. Më 8 shtator shkoi në Prizren valiu Shaqir Pasha, i cili u premtoi shqiptarëve se do të plotësonte kërkesën për të liruar kryengritësit e arrestuar, do t´u jepte krerëve grada e pensione, por nuk pranoi të anulonte reformat në gjykata, në xhandarmëri dhe në polici. Pas kësaj, në fund të shtatorit, kryengritësit u tërhoqën nga Prizreni e Peja dhe u shpërndanë.
Megjithëse u shtypën, kryengritjet shqiptare të viteve 1903-1904 i detyruan Fuqitë e Mëdha të bënin ndryshime në caktimin e zonave ku do të zbatoheshin reformat. Qysh në janar të vitit 1904 Komisioni Ushtarak Ndërkombëtar, i ngarkuar për të caktuar territoret ku do të zbatoheshin reformat, shqyrtoi çështjen e organizimit të një sanxhaku shqiptar në vilajetin e Kosovës, i cili do të përjashtohej nga zona e reformave dhe do të përbëhej nga rrethet ku shqiptarët përbënin shumicën dërrmuese të popullsisë, do të shtrihej nga Kaçaniku në jug e deri në Kollashin në veri, duke përfshirë edhe Pazarin e Ri e Plevlën. Formimi i një sanxhaku të tillë shqiptar do të sillte njohjen zyrtare nga Fuqitë e Mëdha të përkatësisë etnike shqiptare të shumicës së territoreve të vilajetit të Kosovës, që binte ndesh me pretendimet e Beogradit për “Kosovën si tokë serbe”. Pas protestave që Serbia dhe posaçërisht N. Pashiçi bëri pranë Peterburgut, përfaqësuesi i Rusisë në Komisionin e reformave, i përkrahur edhe nga ai i Italisë, arritën të mënjanonin organizimin e sanxhakut shqiptar të Kosovës.
Pas kësaj Austro-Hungaria kërkoi që nga reformat të përjashtoheshin jo vetëm vilajeti i Shkodrës dhe ai i Janinës, por edhe tokat shqiptare të vilajeteve të Kosovës e të Manastirit. Ky propozim u bë si rrjedhim i qëndresës së shqiptarëve, por edhe për shkak të synimeve të Vjenës për të parandaluar ndërhyrjen e partnerëve të saj (sidomos të Italisë) në këto territore të Shqipërisë. Si pasojë, Komisioni Ushtarak Ndërkombëtar vendosi, në shkurt të vitit 1904, të përjashtoheshin përkohësisht nga reformat krahinat perëndimore të vilajeteve të Manastirit e të Kosovës, në të cilat shqiptarët përbënin shumicën e popullsisë; bëhej fjalë pikërisht për sanxhakun e Korçës (me përjashtim të kazasë së Kosturit), për sanxhakun e Elbasanit, për pjesën perëndimore të kazasë së Ohrit, për gjithë sanxhakun e Dibrës, për atë të Prizrenit, për pjesën jugore e perëndimore të sanxhakut të Pejës dhe për kazatë e Plevlies e të Senicës në sanxhakun e Pazarit të Ri. Gjatë zbatimit të reformave u la jashtë tyre dhe nuk u përfshi në asnjërën prej zonave të Fuqive të Mëdha edhe sanxhaku i Prishtinës, një nga më të mëdhenjtë e vilajetit të Kosovës, ku shumica dërrmuese e popullsisë ishte gjithashtu shqiptare. Ky ishte në të vërtetë një pranim (ndonëse jo i drejtpërdrejtë) nga Fuqitë e Mëdha i karakterit etnik shqiptar të të gjitha këtyre territoreve, (domethënë të vilajetit të Kosovës dhe të krahinave perëndimore të vilajetit të Manastirit) që shënoi njëherazi një fitore të Lëvizjes Kombëtare Shqiptare.
