Pas dorëzimit të Ulqinit forcat politike shqiptare dhe veçanërisht Lidhja Shqiptare e Prizrenit e përqendruan vëmendjen në dy çështje kryesore: në atë të pretendimeve greke ndaj Çamërisë dhe në problemin e të drejtave autonomiste të Shqipërisë. Në këtë periudhë u rrit më tej vendosmëria e shqiptarëve për të mos i lëshuar Greqisë asnjë pëllëmbë tokë të Çamërisë.
Të gjitha forcat atdhetare kishin qëndrim të njëjtë për këtë çështje, vijuan të kërkonin që Protokolli nr.13 të korrigjohej në mënyrë të tillë që Greqia të kënaqej jo me vise shqiptare, por me troje greke në Thesali.
Edhe Porta e Lartë, duke qenë e bindur se përdorimi i dhunës për t’i detyruar shqiptarët të hiqnin dorë nga Çamëria do të shkaktonte një kryengritje të re, me përmasa të mëdha në Shqipëri, po kundërshtonte zbatimin me forcë të këtij vendimi. Stambolli u përpoq të përfitonte nga zvarritja e çështjes së Çamërisë për të marrë masat për rivendosjen e autoritetit të tij të tronditur në Shqipëri dhe për të shtypur lëvizjen autonomiste. Megjithëse krahu i moderuar i Lidhjes Shqiptare hoqi dorë nga lufta për autonominë e Shqipërisë, atdhetarët radikalë e vazhduan atë më me forcë pas ngjarjeve të Ulqinit. Në një mbledhje të veçantë që u mbajt në Prizren në nëntor, në të cilën mori pjesë edhe Abdyl Frashëri, u vendos që ky (Abdyl Frashëri) të nisej për në Stamboll për t’i paraqitur edhe njëherë Portës së Lartë kërkesën për bashkimin e vilajeteve dhe veç kësaj kryengritja kundërosmane të niste sapo të shihej se Porta e Lartë do të kalonte në sulm kundër Lidhjes Shqiptare të Prizrenit.
Qysh në javën e parë të muajit dhjetor 1880 Porta e Lartë filloi të kalonte shkallë-shkallë në sulm kundër lëvizjes autonomiste shqiptare. Goditjen e parë ua dha forcave atdhetare në Shkodër. Menjëherë pasi përfundoi dorëzimin e Ulqinit, Dervish Pasha u turr me egërsi të jashtëzakonshme kundër organeve të Lidhjes së Prizrenit në vilajetin e Shkodrës, të cilat arriti t’i shpërndante me terror, duke rivendosur pushtetin e administratës centraliste osmane. Mareshali turk u tregua më i egër me partizanët e lëvizjes autonomiste, sesa me pjesëmarrësit e luftës së Ulqinit. Më 11 dhjetor ai arrestoi pabesisht dhe internoi në Anadoll edhe figura të tilla si Hodo Sokolin e Preng Bibë Dodën, të cilët nuk morën pjesë në luftën e Ulqinit, por ishin përkrahës të kërkesave autonomiste, ndërsa Daut Boriçin e izoloi në Stamboll. Arrestime të tjera ndërmori ai në qytetin e Shkodrës.
Disa ditë më vonë Porta e Lartë e thirri në Stamboll Dervish Pashën dhe i ngarkoi detyrën të hartonte planin e një ekspedite të madhe ushtarake kundër Shqipërisë, për të shtypur në mbarë vendin Lidhjen Shqiptare dhe prirjen e saj për kryengritje të armatosur kundërosmane. Në relacionin që i paraqiti sulltanit më 27 dhjetor, Dervish Pasha kërkonte që lëvizja autonomiste shqiptare të shtypej para se të shpërthente një kryengritje e përgjithshme e armatosur dhe për këtë qëllim të dërgoheshin në Shqipëri 40 batalione ushtarësh me dy qendra drejtuese, njëra në Shkodër, tjetra në Shkup, që ekspedita ushtarake të fillonte në Veri dhe pas zgjidhjes së çështjes së Çamërisë të shtrihej edhe në Shqipërinë e Jugut. Në të njëjtën kohë sulltan Abdyl Hamiti II u drejtoi shqiptarëve një thirrje të jashtëzakonshme, ku i cilësonte të gjithë ata që kërkonin krijimin e një vilajeti të vetëm shqiptar si armiqtë më të rrezikshëm të Perandorisë Osmane.
Udhëheqësit shqiptarë i morën vesh synimet e Stambollit, prandaj i shpejtuan përgatitjet për organizimin e aksionit të armatosur autonomist. Sipas planit të tyre, ai do të fillonte në vilajetin e Kosovës, do të shtrihej menjëherë në vilajetin e Janinës dhe pastaj do të përhapej në viset shqiptare të dy vilajeteve të tjera.
Në Kosovë veprimet e armatosura filluan në sanxhakun e Prizrenit, qysh në muajin dhjetor 1880, me një varg sulmesh nga ana e fshatarëve kundër administratës osmane. Fill pas tyre u ngritën banorët e Prizrenit, të cilët dëbuan nga qyteti mytesarifin e sanxhakut së bashku me nëpunësit e huaj. Këtu mbërriti në ato ditë edhe Abdyl Frashëri, që u largua fshehurazi nga Stambolli. Brenda pak ditëve qytete e krahina të tjera, si Shkupi, Gjakova, Luma e Gucia, u çliruan e u pastruan nga administrata perandorake dhe u bashkuan me pushtetin e ri që u ngrit në Prizren.
Vrulli i lëvizjes kundërosmane i nxiti udhëheqësit kryesorë të rrymës radikale, të grumbulluar në Prizren, të bënin hapat e parë për zbatimin e programit të tyre autonomist. Në fund të dhjetorit ata riorganizuan Komitetin Kombëtar të Lidhjes Shqiptare, ku mbeti shumica e anëtarëve të mëparshëm, që ishin edhe ndër themeluesit e saj, si Ymer Prizreni, Abdyl Frashëri, Sulejman Vokshi, Shuaip Spahiu, Ali Ibra etj. Komiteti Kombëtar mori vendime të rëndësishme: të përhapte kryengritjen kundërosmane në krejt vilajetin e Kosovës dhe të thërriste mbledhjen e Kuvendit të Përgjithshëm të Lidhjes Shqiptare për të formuar qeverinë e përkohshme.
Kuvendi i Jashtëzakonshëm i Lidhjes Shqiptare u mblodh në Prizren në fillim të dhjetëditëshit të dytë të muajit janar. Në Kuvend mbajti një fjalim programatik Abdyl Frashëri, në të cilin tha, midis të tjerave: “Porta e Lartë nuk do që të bëjë asgjë për Shqipërinë. Ajo i trajton me përbuzjen më të madhe si lutjet tona, ashtu edhe neve… Le të mendojmë e le të punojmë për vete dhe të mos ketë asnjë ndryshim ndërmjet toskëve e gegëve. Të jemi të gjithë shqiptarë dhe të formojmë një Shqipëri të bashkuar”. Me këtë formulim Abdyl Frashëri nënkuptonte krijimin e “një shteti autonom shqiptar”, i cili, nëse nuk do të njihej nga Stambolli dhe do të sigurohej me anën e kryengritjes së armatosur, do të shpinte vetvetiu në shpalljen e pavarësisë së plotë të Shqipërisë.
Në përfundim të punimeve Kuvendi i Jashtëzakonshëm miratoi, me pak ndryshime, Komitetin Kombëtar të mëparshëm të Lidhjes Shqiptare. Duke marrë parasysh detyrën e re që shtrohej para vendit - zëvendësimin e administratës osmane me administratën shqiptare autonome - Kuvendi e veshi organin qendror të Lidhjes Shqiptare me funksione të plota pushtetore. Për këtë qëllim ai e shpalli Komitetin Kombëtar qeveri të përkohshme me kryetar Ymer Prizrenin, nënkryetar Shuaip Spahiun dhe me dhjetë anëtarë, midis të cilëve ishin Abdyl Frashëri, i ngarkuar për punët e jashtme dhe Sulejman Vokshi, i ngarkuar për punët ushtarake.
Fill pas formimit të saj qeveria e përkohshme u përpoq ta përhapte flakën e kryengritjes çlirimtare në viset e tjera të vilajetit të Kosovës e të shtrinte pushtetin e saj në gjithë vilajetin e Kosovës dhe shkallë-shkallë edhe në tre vilajetet e tjera shqiptare. Në të njëjtën kohë ajo iu përvesh organizimit të forcave ushtarake. Brenda pak ditëve u formuan njësi ushtarake të rregullta dhe pranë tyre reparte shëtitëse që do të shërbenin ku ta lypte nevoja. Në viset e çliruara u ngrit menjëherë administrata shqiptare, e cila hyri nën vartësinë e qeverisë së përkohshme të Prizrenit.
Lëvizja e armatosur autonomiste u përhap me shpejtësi edhe në viset e tjera të vilajetit të Kosovës. Në saje të përkrahjes që gjetën në masat popullore, repartet e Lidhjes Shqiptare të komanduara nga Sulejman Vokshi, më 4 janar shtinë në dorë Shkupin, më 18 janar çliruan pa luftë Prishtinën (kryeqendrën e vilajetit) dhe më 25 janar Mitrovicën. Ndërkohë u lidhën me qeverinë e përkohshme edhe qytetet e tjera të vilajetit të Kosovës, si Peja, Ferizaj, Vuçiterna etj. Nëpunësit e lartë turq u dëbuan nga të gjitha këto qendra, ku u vendos autoriteti i Lidhjes. Garnizonet e dobëta turke u detyruan të mbylleshin në pika të caktuara, prej nga nuk mund të dilnin pa dorëzuar më parë armët. Forcat e Lidhjes Shqiptare zunë urat hekurudhore në mënyrë që të pengohej ardhja e përforcimeve ushtarake osmane. Shoqëria e trenave me qendër në Shkup mori urdhër të mos transportonte trupa e municione për ushtrinë turke.
Në shkurt autoriteti i qeverisë së përkohshme u shtri në Tetovë, në Gostivar e në Dibër. Në Dibër dëbimi i nëpunësve turq ndeshi në kundërshtimin e feudalëve sulltanistë, që kryesoheshin nga Sadik pashë Hoxholli, të cilët, duke mos pasur mbështetje në popullsinë vendase, thirrën në ndihmë dy batalione turke nga Manastiri. Qeveria e përkohshme e Prizrenit dërgoi në Dibër Abdyl Frashërin, që u vendos drejtpërdrejt në selinë e prefekturës, para së cilës u mbajt një miting i madh. Duke iu përgjigjur thirrjes së Abdylit, që në fjalën e tij u kërkoi dibranëve të bashkoheshin me qeverinë e përkohshme, popullsia e Dibrës së Sipërme, qytetarë e malësorë, dëboi më 19 shkurt mytesarifin turk dhe vendosi pushtetin e Lidhjes Shqiptare. Dibra u lidh kështu me qeverinë e përkohshme.
Porta e Lartë u përpoq t’i mbyste me anën e censurës lajmet mbi ngjarjet tronditëse që po zhvilloheshin në Kosovë. Madje jo vetëm shtypi turk, por edhe shtypi ndërkombëtar nuk botoi asgjë mbi këto ngjarje. Atdhetarëve shqiptarë nuk u mbeti asnjë mjet në dorë për të njoftuar zhvillimin e lëvizjes autonomiste, përveçse letrave personale që shkëmbenin fshehurazi ndërmjet tyre. Në një letër të tillë që Sami Frashëri i dërgonte nga Stambolli Jeronim de Radës në Itali në valën e këtyre ngjarjeve, më 20 shkurt 1881, shkruante: “Lidhja e Shqiptarëve që ka kërthizën në Prizren, në Gegëri, ka kërkuar shumë herë, që nga tre vjet e tëhu, bashkimin e Shqipërisë me një provincë me autonomi; po mbretëria gjer më sot e kish gënjyer me fjalë. Këtë herë shqiptarët e kuptuan fort mirë që mbretëria nuk do të bënjë gjë kurrë për ta, dhe Lidhja e Prizrenit ka nevojë të bashkojë Shqipërinë e ta bënjë një me autonomi, a mbase me shkëputje fare pas punësë. Kështu Lidhja mori emrin e guvernës së përdorme (qeverisë së përkohshme - shën. i aut.) dhe përzuri guvernatorët turq nga gjithë vilajeti i Kosovës dhe nga Prizreni, nga Gjakova, nga Tetova, nga Dibra etj. 10 000 shqiptarë të armatosur kanë zënë Shkupin dhe udhënë e hekurtë; 10 000 të tjerë po bëhen gati për t’u unjur në Toskëri. Për pak kohë do të dëgjoni një kryengritje të madhe në Shqipëri”.
Në të vërtetë, në fund të shkurtit qeveria e përkohshme arriti të shtrinte autoritetin e saj në katër nga pesë sanxhakët e vilajetit të Kosovës (me përjashtim të Novi Pazarit): në të Prizrenit, të Pejës, të Shkupit e të Prishtinës. Pushteti i ri u krijua nëpërmjet shndërrimit të komiteteve të mëparshme të Lidhjes në organe pushteti në çdo sanxhak. Po kështu ndodhi edhe me komitetet e kazave që vareshin nga ato të sanxhakëve.
Qeveria e përkohshme synonte ta shtrinte kryengritjen e armatosur çlirimtare në krejt viset shqiptare, në vilajetin e Shkodrës, në Shqipërinë e Mesme e të Jugut. Një kujdes të veçantë i kushtoi ajo sanxhakut të Dibrës, si një hallkë që lidhte gjithë trevat shqiptare.
Veprimtaria e qeverisë së përkohshme u përqendrua në ngritjen e forcave të armatosura shqiptare, në vendosjen e rendit publik, në organizimin e administratës së re e sidomos të gjykatave shqiptare (që u krijuan në çdo sanxhak duke zëvendësuar ato osmane), në krijimin e një buxheti të shtetit shqiptar, nëpërmjet përqendrimit në duart e Lidhjes të taksave shtetërore.
Krahas veprimeve ushtarake, të cilat çuan në çlirimin e shpejtë të vilajetit të Kosovës dhe të disa viseve të vilajetit të Manastirit, qeveria e përkohshme i kushtoi kujdes të veçantë edhe ngritjes së pushtetit të ri shqiptar. Administrata e re që u ngrit në viset e çliruara u pastrua jo vetëm nga funksionarët turq, por edhe nga ata sulltanistë shqiptarë. U morën masa të rrepta kundër veprimeve arbitrare dhe shpërdorimit të funksioneve pushtetore nga nëpunësit e pandërgjegjshëm. Duke i dhënë një rëndësi të madhe vendosjes së një qetësie shembullore, organet e Lidhjes Shqiptare ndoqën me ashpërsi të gjithë keqbërësit e arratisur. Masa të rrepta u morën gjithashtu edhe kundër parisë reaksionare, që u përpoq të minonte pushtetin e ri me veprimtarinë e saj armiqësore. Mjaft prej përfaqësuesve të saj u arrestuan. Për sukseset që pati pushteti i ri i vendosur nga Lidhja Shqiptare në viset e Kosovës, kryekonsulli austro-hungarez raportonte nga Shkodra, më 5 mars 1881, midis të tjerave: “ ... Edhe nëpunësit më të vegjël janë caktuar nga Lidhja; gjyqtar është një qytetar i Prizrenit; taksat që nxirren nga popullsia derdhen në llogari të Lidhjes; nëpunësit i marrin rrogat rregullisht. Lidhja ka kujdes për mbajtjen e rendit qoftë në qytet, qoftë në fshat. Sigurimi publik tani është shumë më në rregull se ç’ishte në kohën kur administratën e drejtonin funksionarët e sulltanit”.
Sukseset që arriti lëvizja çlirimtare në Kosovë ngjallën një entuziazëm të madh në radhët e atdhetarëve shqiptarë. Madje shumë prej tyre filluan të shpresonin se me këtë hov që po merrte aksioni revolucionar çlirimtar po krijohej mundësia për të fituar jo vetëm autonominë e Shqipërisë, por “mbase”, siç shprehej Sami Frashëri ato ditë, edhe shkëputjen e saj të plotë nga Perandoria Osmane. Në këto rrethana qarqet atdhetare filluan të mendonin edhe për formën e qeverisjes që duhej të kishte shteti i ardhshëm shqiptar. Lidhur me formën e regjimit, opinioni publik shqiptar anonte kryesisht nga regjimi monarkist. Ai e përfytyronte Shqipërinë e lirë si një principatë a si një mbretëri me një fisnik shqiptar ose të huaj në krye. Sipas këtij koncepti, Shqipëria nuk duhej të bënte përjashtim nga vendet e tjera të Ballkanit që u formuan si shtete monarkiste. Përkrahësit e regjimit republikan ishin më të pakët. Ndër ta u shqua Sami Frashëri, i cili propozonte për Shqipërinë një zgjidhje origjinale, një republikë me një kryesi kolegjiale. “Në u bëftë dot Shqipëria më vete, - shkruante Sami Frashëri në letrën e përmendur drejtuar De Radës, - nuk do të kemi nevojë për princër as të krishterë as muhamedanë që të na rrjepnë e të na pinë gjaknë. Vendi ynë mund edhe do të guvernohet (të qeveriset - shën. i aut.) prej një farë dhimokratije, prej pleqet”. Kjo pikëpamje për të vendosur në Shqipëri një regjim republikan me një presidencë kolegjale përfaqësonte mendimin më përparimtar të shprehur deri atëherë nga lëvizja demokratike shqiptare.
Pas sukseseve që korri lëvizja në vilajetin e Kosovës e në sanxhakun e Dibrës, pritej që ajo të shtrihej edhe në viset e tjera të vendit. Në të vërtetë, në Shqipërinë e Jugut atdhetarët prisnin çastin e përshtatshëm për t’u hedhur në veprim. Shenjën do ta jepte Abdyl Frashëri në varësi të ecurisë të bisedimeve turko-greke dhe të zhvillimit të ngjarjeve në Kosovë. Meqenëse këtu Porta e Lartë kishte përqendruar forca ushtarake të mëdha për të përballuar një sulm të mundshëm nga ana e Greqisë, qeveria e përkohshme e Prizrenit filloi të përgatiste reparte vullnetarësh për të ndihmuar kryengritësit e vilajetit të Janinës, sapo këta të hidheshin në veprim. Por pikërisht ato ditë u krijua një gjendje ndërkombëtare shumë e ndërlikuar, e cila e pengoi shtrirjen e lëvizjes në viset jugore.
Ngjarjet e reja në Shqipëri, të cilat po çonin në prishjen e status quo-së në Evropën Juglindore, pra në ndryshimin e hartës politike të Kongresit të Berlinit, shqetësuan jo vetëm Portën e Lartë, por edhe Fuqitë e Mëdha. Shqetësimin e tyre e rriti më tej qëndrimi i Greqisë, e cila, duke përfituar nga kryengritja shqiptare, filloi ta kërcënonte Perandorinë Osmane me luftë për ta detyruar që t’i lëshonte asaj Çamërinë e Thesalinë. Ndërlikimet e mëdha që po krijoheshin në Gadishullin Ballkanik nga sukseset e Lëvizjes Kombëtare Shqiptare i detyruan Fuqitë e Mëdha të ndërhynin energjikisht për t’i detyruar Stambollin e Athinën që t’i jepnin fund çështjes së kufirit turko-grek, me qëllim që Porta e Lartë t’i kishte duart të lira për të shtypur Lidhjen e Prizrenit dhe kryengritjen e saj të armatosur.
Për t’i bërë ballë këtij komploti ndërkombëtar që po organizohej kundër Lëvizjes Kombëtare Shqiptare, udhëheqësit e Lidhjes së Prizrenit u orvatën përsëri të siguronin një pikëmbështetje të jashtme. Rastin ua dha Greqia me gatishmërinë e saj për të hyrë në luftë kundër Perandorisë Osmane. Në këto rrethana, udhëheqësit e lëvizjes kombëtare me Abdyl Frashërin në krye, u kthyen te projekti i tyre i vjetër për të lidhur një aleancë politike e ushtarake me Greqinë, sipas së cilës, në përfundim të luftës së përbashkët kundër Stambollit, Athina do të aneksonte provincën greke të Thesalisë, kurse shqiptarët do të fitonin pavarësinë kombëtare në kufijtë e tyre etnikë, duke përfshirë këtu edhe viset shqiptare të Çamërisë.
Në fillim qeveria e Athinës u tregua e interesuar për bisedimet shqiptaro-greke, të cilat u zhvilluan në Korfuz. Por shpejt u pa se ajo nuk kishte hequr dorë nga platforma e saj, që parashikonte aneksimin e vilajetit të Janinës nga Greqia dhe bashkimin e Shqipërisë me Greqinë në formën e një shteti dualist. Veç kësaj, ndërsa vijonin bisedimet e Korfuzit, presioni i Fuqive të Mëdha ndaj Stambollit dhe Athinës u rrit aq shumë, sa Porta e Lartë e qeveria greke u detyruan të bënin lëshime dhe t’i jepnin fund grindjes rreth kufirit të tyre të ri. Sipas protokollit, që u nënshkrua më 27 mars 1881, Perandoria Osmane pranoi t’i lëshonte Greqisë pjesën më të madhe të Thesalisë, afërsisht deri në lumin Selemvria dhe një pjesë shumë të vogël në këndin juglindor të Epirit, konkretisht qytetin e Artës së bashku me rrethinat e tij. Ky vendim i Fuqive të Mëdha u mor për shkak të qëndresës gati trevjeçare të Lidhjes Shqiptare, e cila luftoi me vendosmëri për të mos lëshuar asnjë pëllëmbë tokë shqiptare në vilajetin e Janinës (Epir).
Qëndrimi i Fuqive të Mëdha ndaj çështjes shqiptare dhe ndërhyrjet e konsujve të tyre kundër lëvizjes autonomiste ushtruan një ndikim negativ në zhvillimin e mëtejshëm të ngjarjeve në Shqipërinë e Jugut. Veç kësaj, me nënshkrimin e marrëveshjes turko-greke, Athina nuk dëshironte më trazira në vilajetin e Janinës. Madje tani lindi rreziku që, sapo të shpërthente kryengritja autonomiste në Shqipërinë e Jugut, Greqia t’i sulmonte shqiptarët prapa krahëve për të bërë aneksimin e vilajetit të Janinës. Në këto rrethana atdhetarët shqiptarë të viseve jugore ngurruan të fillonin veprimet kryengritëse kundër Portës së Lartë.