Ai donte që kjo vepër të ishte testamenti i tij shpirtëror. Shumë tepër i gjetur është kuptimi simbolik i veprës për t'ia dedikuar këtë meritë vetëm Schikaneder, sigurisht njeri i teatrit dhe këngëtar i shkëlqyer, me të drejtë interpretues i personazhit të Papagenos dhe jo Taminos. Nga ana tjetër Mozart në finalen e Rrëmbimit nga Saraji transformon historinë romantike në një parabolë të Lessingu-t mbi bujarinë dhe bashkëjetesën njerëzore. Mbi origjinën e "Flautit Magjik" ka shumë legjenda. "Flauti Magjik" është një opera e mbushur me mister, e mbështjellë me një pëlhurë përrallore dhe pranimi me këtë kusht, pa spekuluar shumë mbi këtë, është e vetmja rrugë për të hyrë brenda botës së veprës.
Të gjitha ngjarjet skenike dhe muzikore që zhvillohen në "Flautin Magjik" ndjekin një dinamikë shumë të fortë teatrale, por e shkëputur nga një logjikë dramatike. Parë nga jashtë, Flauti Magjik është një opera e ndarë në dy akte, por në realitet është rregulluar brenda të dytit, numri tre, numër i shenjtë për Masonerinë, që është prezent në partiturën muzikore me notat e akordit të trefishtë të uverturës, të përsëritura në aktin e dytë dhe në momentin e hyrjes së Taminos.
I njëjti akt, mbaron me skenën e njëzetë dhe kështu mund të identifikojmë një akt të tretë, të fshehur për arsye të nevojave teatrale në kohën e Mozartit. Në operan "Flauti Magjik", gjen shprehjen e saj më të lartë. Toni popullor dhe komik, sensualiteti dhe solemniteti i shenjtë ndodhin dhe alternohen vazhdimisht përballë vdekjes. Kur arrin kulmi i sensit muzikor dhe shpirtëror, menjëherë ndërhyn një lëvizje e kundërt që pengon lirikën shpirtërore të shndërrohet në romantike dhe seriozitetin solemn të shndërrohet në tragjik.