Kompleksi i Lidhjes Shqiptare të Prizrenit, si tërësi urbane-arkitektonike në aspektin hapësinor është vendosur në bërthamën e vjetër të qytetit dhe ka vlerë të veçantë kulturo-historike, shoqërore dhe ambientale. Ky kompleks është formuar me ndërtimin e Xhamisë së Gazi Mehmed Pashës, ku pastaj rreth saj janë ndërtuar edhe objekte tjera si ndërtesa e Lidhjes, medreseja, tyrbja, leximorja dhe objektet e banimit. Objektet e banimit janë të fokusuara kryesisht në pjesën jug-perëndimore të kompleksit të Gazi Mehmed Pashës në kuadër të së cilës bën pjesë edhe kompleksi muzeal i Lidhjes së Prizrenit.

Këto objekte të arkitekturës folklorike janë të shprehura si objekte të veçanta dhe në varg. Në fund të shek. XIX dhe në fillim të shek. XX, gjatë restaurimeve dhe rindërtimeve në objektet e banimit shihet qartë ndikimi i Barokut Evropian me një përzierje të neoklasicizmit, gjë që formon pamjen specifike të këtyre objekteve. Pas viteve 50 të shek. XX fillojnë rrënimet masive të objekteve të vjetra duke zgjeruar rrugët, duke ndryshuar rrjedhën e lumit Lumbardh në emër të “modernizimit” të qytetit. Tani nga ky kompleks kanë mbetur pak objekte banimi të ruajtura sikurse që janë shkatërruar edhe disa pjesë të medresesë. Në vitin 1968 për arsye të ndërtimit të rrugës bëhet rrënimi i objekteve buzë lumit derisa vetëm ndërtesa e Rezidencës së Lidhjes Shqiptare të Prizrenit dislokohet për disa metra në perëndim. Edhe në vitet 1976/78 bëhen ndërhyrje të rëndësishme duke rrënuar disa objekte të kompleksit të Gazi Mehmed Pashës për të formuar Muzeun e Lidhjes së Prizrenit për nder të 100 vjetorit të saj. Gjatë luftës së fundit në vitin 1999 digjet tërësisht ndërtesa e rezidencës së Lidhjes e cila rindërtohet në qershor të vitit 2000.

Tani Muzeu i Lidhjes Shqiptare të Prizrenit përbëhet nga tri sektorë: Ndërtesa e Lidhjes Shqiptare të Prizrenit ku gjendet Sektori Historik me tematikën historike te Lidhjes, ku janë të paraqitura dokumentet e shkruara, armë të vjetra dhe pamje të figurave historike e politike të Lidhjes së Prizrenit. Ndërtesa e medresesë ku në përdhesë gjendet Sektori Etnografik, me veshje karakteristike nga trojet e banuara nga shqiptarët, dhe Në katin e medresesë gjendet Galeria e Arteve me piktura me tematikë të kushtuar personaliteteve të Lidhjes Shqiptare të Prizrenit.